结肠水疗使用一个双头套管插入肛门中，细管进水而粗管将排泄物排出。结肠水疗法主要作用于持续便秘患者，或某些紧急情况下来不及进行口服清肠处理的病人（如需做直肠镜，结肠镜，钡剂灌肠，仿真结肠镜等），客户需躺姿，由医师操作仪器将温水灌入结肠底部，直至将所有排泄物抽空为止，整个过程大约二十五至四十分钟。